Saugos tyrimų skyriaus veikla apima transporto avarijų ir incidentų, įvykusių ne tik Lietuvoje, bet ir visame pasaulyje, tyrimus, kai minėti avarijos ir incidentai yra susiję su Lietuva kaip transporto priemonės registracijos, naudotojo, projektavimo ir gamybos, įgulos narių ir keleivių pilietybės valstybe. 

Įvykus orlaivio avarijai ar pavojingam incidentui, Saugos tyrimų skyrius atlieka saugos tyrimą, jeigu:
1) orlaivio avarija ar pavojingas incidentas įvyko Lietuvos Respublikoje;
2) Lietuvos Respublikoje registruotas orlaivis pateko į avariją ar pavojingą incidentą ir negalima tiksliai nustatyti, kurios valstybės teritorijoje jis įvyko (pvz., tarptautiniai vandenys, konfliktinė teritorija);
3) Lietuvos Respublikoje registruotas orlaivis pateko į avariją ar pavojingą incidentą kitoje valstybėje ir susitariama, kad saugos tyrimą atliks Lietuvos Respublika kaip orlaivio registracijos valstybė. 

Įvykus labai sunkiai laivo avarijai, Saugos tyrimų skyrius atlieka jos tyrimą, jeigu:
1) laivas plaukioja su Lietuvos valstybės vėliava, neatsižvelgiant į tai, kur įvyko avarija;
2) laivo avarija įvyksta Lietuvos Respublikos teritorinėje jūroje ar jūros vidaus vandenyse, kaip tai apibrėžta 1982 m. gruodžio 10 d. Jungtinių Tautų jūrų teisės konvencijoje, neatsižvelgiant į avariją patyrusio laivo ar laivų vėliavas;
3) Lietuvos Respublika yra iš esmės suinteresuota, neatsižvelgiant į avarijos vietą ir avariją patyrusio laivo ar laivų vėliavas. 

Jei geležinkelių avariją ar incidentą kitoje Europos Sąjungos valstybėje patyrė Lietuvoje įsteigta ir licencijuota geležinkelio įmonė arba geležinkelių riedmenys, kurie įregistruoti arba kurių techninė priežiūra atliekama Lietuvoje, Saugos tyrimų skyrius kviečiamas dalyvauti kitos Europos Sąjungos valstybės tyrimo įstaigos saugos tyrime.