Saugos tyrimų skyrius atlieka avarijų ir incidentų saugos tyrimus, kuriais galima padidinti transporto saugą. Saugos tyrimų skyrius orientuojasi į visuomenės interesus, kai avarija susijusi su keleivių ir įgulos sauga lėktuve, laive, geležinkelių riedmenyse, lynų kelio įrenginyje ar kelių transporto priemonėje, taip pat kai avarija gali sukelti didelių nuostolių, ypač jei padaryta didelė žala viešajai infrastruktūrai arba poveikis ekonomikai ar aplinkai. 

Nepriklausomais saugos tyrimais siekiama nustatyti saugos trūkumus, kad už saugos rizikos valdymą atsakingos organizacijos galėtų imtis veiksmų ir priemonių saugai padidinti. Saugos priemonės, kurių imasi ūkio subjektai, pramonės atstovai, priežiūros ir reguliavimo institucijos ir įstaigos, reaguodami į saugos problemas ir saugos tyrimų metu pateiktas saugos rekomendacijas, sumažina avarijų ir incidentų riziką. 

Kadangi Saugos tyrimų skyrius yra nepriklausomas nuo priežiūros ir reguliavimo institucijų ir įstaigų, politikos formavimo, jis neturi įgaliojimų priversti ūkio subjektų, naudotojų, gamintojų ar priežiūros ir reguliavimo institucijų ir įstaigų imtis saugos priemonių. Atsižvelgiant į tai, atkreipti dėmesį į saugos priemonių svarbą siekiama bendradarbiaujant su suinteresuotosiomis šalimis, viešinant saugos tyrimų išvadas ir didinant informuotumą apie saugos problemas ir iššūkius. 

Jei nustatoma, kad saugos trūkumai nebuvo tinkamai pašalinti, Saugos tyrimų skyrius gali pateikti oficialią saugos rekomendaciją organizacijai, atsakingai už tokios rizikos valdymą. 

Saugos tyrimų tikslas – avarijų ir incidentų prevencija oro, vandens ir sausumos transporto srityse, taip pat naudojantis lynų kelio įrenginiais. Šiais tyrimais siekiama nustatyti priežastis ir (ar) veiksnius, kurie lėmė avariją ar incidentą, kad būtų galima pagerinti transporto saugą. Saugos tyrimais nenustatoma kaltė ar atsakomybė, nesiekiama imtis administracinių ar baudžiamųjų veiksmų. Saugos tyrimų skyriaus galimybės atlikti saugos tyrimą būtų apribotos, jei būtų nustatoma kaltė ar atsakomybė, nes ateityje nebūtų galima laisvai gauti informacijos, reikalingos saugai pagerinti. Todėl administracinės ar baudžiamosios atsakomybės vertinimas ir (ar) nustatymas nėra Saugos tyrimų skyriaus atliekamo saugos tyrimo dalis. 

Kaltės nenustatymo principas skatina bendradarbiavimą saugos tyrimo procese ir sudaro sąlygas laisvai pranešti apie saugos įvykius. 

Saugos tyrimų skyriaus ištekliai pirmiausia skiriami avarijų ir incidentų, kurie turi būti tiriami pagal nacionalinius ir tarptautinius įsipareigojimus, saugos tyrimams, taip pat tų avarijų ir incidentų saugos tyrimams, kurie galėtų turėti didžiausios naudos avarijų ir incidentų prevencijai ateityje.